Metroid Prime 3: Corruption

Als eine föderierten Station auf dem Planeten Norion angegriffen wird, werden Samus und andere Kopfgeldjäger ausgeschickt, die Station zu verteidigen. Zudem befindet sich ein Meteorit auf Kollisionskurs mit dem Planeten. Doch beim Versuch eine Kanone zu aktivieren, die den Meteorit zerstören soll, treffen die Kopfgeldjäger auf die dunkle Samus, die sich im Asteroiden befindete. Nach einem übermächten Angriff der dunklen Samus wurden die Kopfgeldjäger sehr schwer verletzt. Mit letzter Kraft aktivierte Samus die Kanone und rettete den Planeten, bevor sie völlig das Bewusstsein verlor.
Nach einem Monat im Tiefschlaf erfährt Samus, das die anderen Kopfgeldjäger zu verschiedenen Planeten geschickt wurden, um phazonproduzierende Meteoriten (Leviathane) zu zerstören. Doch die Verbindung zu ihnen riss ab. Nun wird Samus ausgesendet, um den Verbleib der Kopfgeldjäger zu untersuchen und die Leviathane zu zerstören.