Vor Äonen ließen sich die Luminoth auf den Planeten Aether nieder. Sie schufen sich eine friedliche Existenz und lebten mit dem Planeten im Einklang. Bis zu dem Tage, als ein Meteor auf Kollisionskurs mit Aether stand. Der Aufprall vernichtete große Teile des Planeten und ihrer Bewohner. Die freigesetzte Energie des Aufpralls riss einen Raumdimensionalen Spalt in den Planeten. Es entstand eine neue Welt, die ein Ebenbild der normalen Welt war. Diese Welt liegt in ewiger Finsternis und seine Atmosphäre ist todbringend. Dazu traten aus der dunklen Welt neue Lebewesen hervor, die die Luminoth als Ing bezeichneten. Die Luminoth errichteten Tore um freien Zugang zu der dunklen Welt zu erlangen. Sie stellten Leuchtfeuer auf, um sich in der Atmosphäre zu überleben und die Ing zu bekämpfen. Doch es schien aussichtslos. Der Krieg lange Zeit doch für beide Seiten gab es keinen Erfolg. Man konnte die Ing nicht besiegen und die Ing konnte nichts gegen das Licht des Aethers unternehmen. Es schein ein ewiges Gleichgewicht zu sein, da beide Planeten zu gleichen Teilen von den Energien Aethers zehrten. Doch die Luminoth entwickelten ein Energietransfermodul, um die Energien des dunklen Aethers auf den Hellen zu übertragen. Den Ing gelang es aber, dieses Modul zu stehlen und so setzten sie es gegen die Luminoth ein. Bald war fast jegliches Licht Aethers verdunkelt. Nur für einen Ort reichten die Energien aus: den Erhabenen Tempel. Dies ist die letzte Zuflucht der Luminoth und das einzige, was die Ing davon abhielt, die gesamte Welt zu verdunkeln.
Die Weltraumpiraten und die Föderation
Durch vermehrte Phazonvorkommen entdeckten die Weltraumpiraten den Planeten und begannen sofort mit der erschließung der Vorkommen. Es traten Spalte in Raumzeitgefüge auf, wodurch es Übergriffe der Ing auf die Piraten gab. Nach weiteren Abbaumaßnahmen stießen die Piraten auf ein Artefakt. Sie nannten es "Unlichtstrahl". Sie benutzten es, um die Portale in die dunkle Welt zu öffnen. Auf der dunklen Seite bemerkten sie schnell, das es dort noch größere Phazon Vorkommen gab. Doch die Ing, die giftige Atmosphäre und sogar die Dunkle Samus, angelockt durch das Phazon, dezimierten die Truppen der Piraten sehr schnell. Der angeforderte Nachschub wurde aber von einem Raumschiff der Föderation abgeschossen. Nur wenige Piraten überlebten. Das Raumschiff der Föderation landete in der Nähe der Tempelanlagen und somit hatten die Piraten einen weiteren Feind.
Die Marines der Föderation errichteten eine provisorische Basis auf dem Planeten. Früh trafen sie auf eine räuberrische Rasse - den Splinter. Die Splinter gruben ihre Tunnel bis hin zu den Stützpunkten der Marines. Um sich Zeit zu verschaffen, machte sich ein Team auf, ein nahe gelegenes Nest der Splinter auszurotten. Leider lockte der Versuch nur noch weitere Splinter an. Um das schlimmste zu verhindern, versuchten die Marines die größten Tunnel der Splinter zu versiegeln, doch die Splinter gruben neue Tunnel. Der gesamte innere Bereich war dadurch ein riesiges Splinter-Nest geworden. In ihrer Verzweiflung bauten die Marines das Lüftungssystem so um, das Pestizide in die inneren Anlagen strömte um die Splinter zu töten. Bei diesem Unterfangen ließen viele Marines ihr Leben. Während Kampfes in den inneren Anlagen, wurde das Raumschiff der Marines von tausenden Splintern angegriffen, die alles angriffen, was nicht tot oder einer von ihnen war. E. Denys war der letzte Überlebende Marine. Er versuchte zu den außerirdischen Anlagen zu kommen um dort nach Hilfe zu suchen, doch schaffte es nur einige Meter weit. Was genau ihn tötete, ist unbekannt...
Als der Kontakt entgültig zu den Marines abbrach, schickte die Föderation Samus Aran, um herauszufinden, was auf Aether passiert ist.
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