Das SA-X entstand, als Samus Aran auf einer Erkundungsmission auf SR388 von einem X-Parasiten attackiert wurde. Samus überlebte diese Attacke nur knapp. Die Reste von Samus' infizierten Anzug wurde auf die BSL gebracht. Der X-Parasit tat anschließend das, was X-Parasiten immer tun: Es übernahm die DNA, die sich noch in Samus' Anzug befand. So entstand eine perfekte Kopie von Samus, die sich mit Hilfe einer Power Bombe aus der Quarantäne-Station der BSL befreien konnte.
Nachdem dieser sich befreit hatte, wanderte das SA-X durch die BSL, versucht Samus zu jagen und lässt die X in immer neue Gebiete vordringen. Aufgrund der Tatsache, dass sich X rasend schnell vermehren, befanden sich schließlich fast ein Dutzend SA-X auf der BSL.
Eines konnte vernichtet werden, als es in einem Geheimtrakt der BSL ein paar gezüchtete Metroid zerstören wollte. Der Geheimtrakt wurde abgekoppelt und stürzte über SR388 ab. Ein weiteres SA-X wurde von einem Omega-Metroid vernichtet. Die restlichen kamen um, als die BSL mit SR388 kollidierte.

|